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导读：所得税缴纳制度与现代物流业跨区域发展不符。现代物流企业的服务范围覆盖很多个区域，而这些区域各自的情况又不同，常出现一个集团内部分公司盈利而另外一部分的公司亏损。
物流企业是这样一种经济组织，它从事的是对物质的运输或仓储工作，并且根据客户的需求，对运送、装卸、储存等进行组织和管理，它有着一定的信息管理系统与自己的业务相适应，能够独立核算以及独立承担民事责任。
经过几十年的改革，我国物流企业在税收方面确实取得了一些成就，改善了我国物流业的发展环境，但是我们要清楚地看到存在的问题。经济全球化日益加强，我们物流业在这样一个大环境下，要想实现自己更好的发展，就需要有利的税收政策环境。所以要充分发挥税收管理的经济调节功能，建立符合我国物流业发展的税收管理体系。
我国物流企业在税收方面存在的问题主要有：
(一)营业税方面存在重复纳税。在我国，重复纳税是物流业税收方面最严重的问题，非常不利于我国物流业的健康有序发展。而且在物流配送、仓储租赁等方面重复纳税显得尤为严重。
(二)物流企业的综合税偏高。我国物流业是微利行业。据统计，我国物流企业的毛利大都在4%~6%，而且税后纯利也只是1%~3%，这么低的一个利润率很难保证资金的积累，物流企业也就很难生存下去，很显然这非常不利于我国物流业的发展。
(三)所得税缴纳制度与现代物流业跨区域发展不符。现代物流企业的服务范围覆盖很多个区域，而这些区域各自的情况又不同，常出现一个集团内部分公司盈利而另外一部分的公司亏损。目前我国实施的是属地缴纳企业所得税的制度，而很多企业又都是集团型的，它们无法做到内部之间盈亏互补，这就无形之中加重了企业的税收负担。
(四)资源整合中很难取得合法运输发票。如果按照现行的发票管理规定来执行的话，那么物流企业所雇用的个体户司机就很难取得到相应的发票。为此，部分个体户车辆会挂靠到其他运输公司。而由于个体车辆提供的大都是临时性运输服务，所以无法完整地向该公司报销自己付款的发票。如果该公司给这些个体户司机开出了发票支出，而他们的车辆又不能被纳入该公司的核算，那么这些支出就成了没有实际收入来弥补的发票支出，这就给公司的财务造成一定的压力。
(五)物流企业自开票纳税人资格较难认定与额度有限制。我国物流企业经常使用的发票是货物运输业发票，按照相关规定，要开具这样的发票，需要物流企业拥有自己的车辆，而且只有用自己所拥有的车辆运输货物取得收入才能够有资格。很明显，这就必然使得那些只是通过整合社会资源进行物流配送服务的企业丧失了自开票纳税人的资格。这种规定已经不能适应我国现代物流业发展的需要。而且在自开票纳税人的认定中额度限制和属地限制也制约了行业发展。
(六)物流活动中土地使用费较高。在物流活动中，仓储等基础设施的建设与使用是构成整体物流服务过程的重要组成部分。由于这些基础设施直接关系到社会经济发展和民众生活，因此具有一定的公益性，与其他产业有着根本的不同，所以物流活动中土地使用税不应该很高，以免给低盈利的仓储型物流企业造成财务压力。
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